Yoga Nidra löst im Gehirn sowohl entspannende als auch stärkende Mechanismen aus. Gehirnforscher haben durch wissenschaftliche Experimente folgende Resultate beobachtet: Veränderte Frequenz der elektrischen Rhythmen im Gehirn (EEG), Verminderung der Herzfrequenz, Verminderung des systolischen und diastolischen Blutdrucks, veränderte Zirkulation der Stresshormone Adrenalin und Cortisol und verminderte sympathische Nervenaktivität. Im Yoga Nidra Zustand wird der Hypothalamus beeinflusst, was eine positive Wirkung auf das gesamte vegetative Nervensystem hat.

Yoga Nidra kann in den Bereichen Prävention und Heilung Anwendung finden. Herz- und Magenkrankheiten, Asthma und Migräne sprechen gut auf Yoga Nidra an. Insbesondere durch Stress bedingte Beschwerden wie Schlafstörungen, Nervosität oder Schweißausbrüche können erfolgreich therapiert werden.

Untersuchungen im Presbyterial Universitätskrankenhaus in Pittsburgh (USA) haben gezeigt, dass bereits nach sechs Wochen Yoga Nidra Therapie bei Migräne, Magengeschwür-Syndromen, Spondylitissyndrom und Bandscheibensyndrom eine Schmerzreduzierung von durchschnittlich 81% erreicht wurde. Yoga Nidra wird auch erfolgreich für Krebspatienten eingesetzt, z.B. durch die Psychiater Dr. Ainslie und Dr. Simontan.